Yıldırım Beyazıt Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsünün temel misyonu; fen ve mühendislik bilimleri alanında nitelikli bilimsel ve teknolojik bilgi ve beceriye sahip araştırmacı bireyler yetiştirilmesi için gereken eğitim programlarının sürekli olarak geliştirilmesini, değerlendirilmesini, etkin olarak yürütülmesini sağlamak, tüm programlarda eğitimin kalitesinin yükseltilmesine katkıda bulunmak, uluslararası gelişmeleri ve toplumsal gereksinimleri göz önüne alarak yeni programların açılmasını teşvik etmek ve organizasyonunu sağlamaktır.
Üstün nitelikli ve aldığı eğitimin mesleğini ve yaşam kalitesini geliştireceğine inanan öğrenciler tarafından tercih edilen, mezunlarının aldıkları eğitimle alanlarında seçkin bir yere sahip olmasını sağlayan, yürüttüğü eğitim programlarıyla nitelikli bilim insanı yetiştiren, ulusal ve uluslararası düzeydeki araştırmalarını artırarak sürdüren saygın bir kurum olmaktır.
